マルチウィンドウのアプリで Spaces を使ったら…？。どういう扱いになっているのか少し気になりますが、結論としては、もちろん、同じアプリのウィンドウでも、別々のスペースに配置して使うことができます。

それよりも問題なのは、そのウィンドウを、どのスペースに配置したか覚えておかなければいけないのか、ということです（「それぐらい覚えろ」というご意見はごもっともですが）。実は、（完璧な解決策とは言えないものの）なかなかいい方法があります。

Dock 上でそのアプリのアイコンをクリックすると、クリックするたび、順番に、そのアプリのウィンドウが含まれているスペースに切り替わります。これは、ノート型など、画面サイズがあまり大きくないマシンをお使いの方に、特におススメの機能です。

どう使うかというと、例えば、Xcode のプロジェクトウィンドウとマニュアルウィンドウを、どちらも画面いっぱいにズームして、別々のスペースに配置してみたり…

CSSEdit で、編集ウィンドウとプレビューウィンドウを、別々のスペースに配置してみたり…

これは便利です。もう、スペースが何個あっても足りないというか。

（※ あ、でも、ここまで書いといてアレですが、「Exposé と Spaces」環境設定パネル で「アプリケーションの割り当て」 を行って、そのアプリをそのスペース内だけで使うようにすると、Exposé のスコープが狭まることになるので、より便利かも。…まあともかく、便利なんです。汗）